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參考文獻(xiàn)管理工具是科研人員在寫作的時(shí)候用來處理參考文獻(xiàn)和引用的軟件，參考文獻(xiàn)管理工具會儲存全文論文和參考文獻(xiàn)，用戶也能在 PDF 中做筆記和注釋。最重要的是，這類的工具可以在寫作的同時(shí)排版內(nèi)文引用和參考書目。因此，如果論文不幸被期刊拒絕了，需要改投別的期刊，作者不需要花時(shí)間根據(jù)新的期刊規(guī)定重新排版，只要在軟件中一鍵重新排版即可。下面是一些受歡迎的參考文獻(xiàn)管理工具，請注意有些領(lǐng)域會有自己偏好的工具，在選用的時(shí)候建議先征詢同行專家的意見。

Zotero：這個(gè)工具可讓用戶搜集、組織、引用、分享自己的研究來源。Zotero 會自動下載并儲存用戶所閱讀的文章 PDF 檔案，將所有的參考書目信息提取出來。不管是在微軟 Word、Open Office 或是 Google Docs 上進(jìn)行寫作，用戶都可以輕松進(jìn)行檢索并添加內(nèi)文引用，Zotero 會自動列出參考書目。但 Zotero 沒有辦法對 PDF 進(jìn)行注釋，用戶需要自己記錄在別的檔案中，但還是能進(jìn)行查找。

Mendeley：Mendeley 是兼具社交網(wǎng)絡(luò)、參考文獻(xiàn)管理和文章視覺化等功能的工具，參考文獻(xiàn)管理功能可以輕松儲存并讀取文章，有微軟 word 引用工具，讓用戶可以直接在檔案中添加參考文獻(xiàn)。跟 Zeotero 不同，用戶可以在 Mendeley 程式中直接瀏覽添加注釋在 PDF 文檔。該平臺最好的功能是研究人員可以建立群組，互相合作并分享文檔。

ReadCube：這是一個(gè)發(fā)現(xiàn)、管理研究文獻(xiàn)并添加注釋的程式。ReadCube 提供優(yōu)化的 PDF 閱讀體驗(yàn)，在靜態(tài) PDF 文檔中提供互動引用，整合作者信息，提取補(bǔ)充數(shù)據(jù)，相關(guān)文章及全屏圖片瀏覽。

EndNote：科睿唯安的軟件工具，是科研人員發(fā)表和管理參考書目、引用及參考文獻(xiàn)的工具，特別受歡迎。研究人員可以建立自己的參考文獻(xiàn)圖書館，自己手動添加或是直接匯入?yún)⒖嘉墨I(xiàn)，組織并儲存參考文獻(xiàn)，使用 EndNote 建立并編輯引用。EndNote 也讓研究人員分享自己的研究和參考文獻(xiàn)，可以分享全文檔案或是筆記給其他 EndNote 用戶。